如果家里有黑菌虫的话，先用除虫剂，在用清洁工具加入一些洗洁精之类的，用清水再擦拭一下。最后，把门窗都打开，然后喷一点空气清洗剂，等待一上午或者一下午，地面或者桌面干了之后，就可以重新放置生活物品在上面了。家里的环境卫生一定要做好，东西物品之类的一定要摆放好，这样黑菌虫就不容易有。定期给家里周围喷洒一些除虫剂之类的，可以有效地预防黑菌虫的产生。
如果是仓房的话，首先保持仓房及粮食清洁、干燥与低温，通风，避免潮湿，特别是仓库底部要常打扫。粮食已感染黑菌虫时，可用曝晒、冷冻、过风、过筛等办法防治。用氯化苦、二氯乙烯药剂熏蒸。